Der Bayerische Wald wird gerne als Grundgebirge bezeichnet, womit ausgedrückt wird, dass es sich um den Rest eines sehr alten Gebriges handelt, das (zumindest in Mitteleuropa) den Grundstock jüngerer Ablagerungen (Sedimente) handelt. In dieser Hinsicht ist der Begriff nicht unbedingt richtig, oder doch zumindest stark vereinfachend. Was bleibt ist auf jeden Fall das hohe Alter der Gesteine im Bayerischen Wald, Kristallingesteine wie Granit und Gneiss die etwa 600 bis 1200 Millionen Jahre alt sind. Es existieren keine Karbonatgesteine und somit auch keine Verkarstung mit der entsprechenden Höhlenbildung. Dafür gibt es eine sehr interessante Geologie, die in mehreren Orogenesen, zum Beispield der Kaledonischen Orogenese (500-400 Ma) und der Variszischen Orogenese (390-270 Ma) geformt wurden.
Orogenesen, also Gebirgsbildungsprozesse, führen zu einer tektonischen Beanspruchung des Gesteins. Es kommt zu Faltung, Anhebung, und Kippung, Störungen bilden sich. An diesen Störungen konnte Grundwasser tief in das Gestein eindringen, es kam zu hydrothermalen Konvektionsströmungen, die zur Ablagerung vielfältiger Minerale und Erze in Gängen führten. Hohe Temperatur und hoher Druck führten zu einer Metamorphose von Gesteinen, die in erster Linie zur Bildung von Gneiss führten.
Die Geologie der Bayerischen Wald hatte sowohl auf die Landwirtschaft und damit auf das Leben der Bewohner einen Einfluß, als auch auf den Bergbau. Die kristallinen Gesteine sind meist wasserdicht und außerdem chemisch wenig aktiv. So wurde Wasser gestaut, die Böden waren feucht, in Mulden moorig, allgemen eher sauer. Zusammen mit der relativ hohen Meereshöhe führte das zu einem Boden der nur für Wald geeignet war. So finden wir hier eine dünn besiedelte Landschaft, die vor allem durch Waldwirtschaft geprägt ist. Doch vereinzelt vorkommende Gangvererzungen waren in historischer Zeit für den Bergbau interessant. Diese Lagerstätten sind heute nicht mehr abbauwürdig, doch gibt es einige interessante Schaubergwerke.