Die Alpen sind ein Hochgebirge dessen Heraushebung im Jungtertiär, also vor etwa 10 Ma, begonnen hat. Diese Hebung fand in einzelnen Abschnitten mit langen Unterbrechungen statt. Zu Beginn des Pleistozäns vor etwa 1.5 Millionen Jahren waren die Alpen schon ein Hochgebirge. Die Gesteine, aus denen die Alpen bestehen, wurden zuvor über einen Zeitraum von mehr als 200 Millionen Jahren in der alpiniden Geosynklinale abgelagert. Diese Geosynklinale bestand aus mehreren Trögen. Die Gesteine der nördlichen Kalkalpen stammen aus dem Kalkalpen-Trog.
Der deutsche Teil der Alpen beschränkt sich auf ein schmales Band am Nordrand der nördlichen Kalkalpen mit höchstens 30 km Breite. Dieses Band reicht vom Bodensee bis Salzburg. Der höchste Berg in diesem Gebiet ist die Zugspitze mit 2.963 m NN. Geografisch lässt sich dieses Band vor allem in drei Abschnitte einteilen.
Die Schichtfolge in den deutschen Alpen beginnt mit kalkigen Sedimenten aus dem mittleren Trias. Für die Verkarstung und die Morphologie gleichermaßen wichtig ist der Wettersteinkalk. Es handelt sich dabei um einen ehemaligen Riffkalk, der häufig sekundär dolomitisiert ist. Aus dem Jura und der Unteren Kreide stammen weitere Kalksteine und Mergel. In der Oberen Kreide dagegen wurden vor allem Bekzien und Konglomerate gebildet.
Eine Besonderheit der deutschen Alpen ist das fast vollständige Fehlen von vulkanischen Gesteinen. Es gibt aus diesem Grund auch praktisch keine Bodenschätze. In den Allgäuer und Bayerischen Alpen wird stellenweise Kalkstein als Bau- und Werkstein gewonnen. Bei Bad Reichenhall und Berchtesgaden wird Steinsalz gewonnen. Dieses befindet sich in den ältesten Gesteinen der deutschen Alpen aus dem Oberen Perm.
Für die Speläologie ist ein klimatischer Faktor recht interessant. Während in ganz Deutschland in den Höhlen eine Temperatur von 8-10 Grad herrscht, liegt diese in den alpinen Höhlen (je nach Höhenlage) deutlich darunter. Die Höhlentemperatur entspricht dem Jahresmittel der Außentemperatur. Die trotzdem recht großräumigen Hohlräume sind sicher zu einer Zeit entstanden, als die Temperaturen allgemein höher lagen.
Bei Höhlen, deren Temperatur um den Gefrierpunkt liegt treten besondere Phänomene auf. Eindringendes Wasser gefriert in der Höhle und bildet so Eispolster, Gletscher, Eis-Stalagtiten und -Stalagmiten. Wichtig ist aber, dass im Sommer die Temperatur leicht steigt und so etwas Eis wieder abschmilzt. Die Höhle würde sich sonst im Laufe der Zeit vollständig mit Eis füllen.